El 5 de abril de 1930, en la zona del populoso barrio de la plaza Moreno, un conjunto de muchachos entusiastas y emprendedores, simpatizantes del Club Atlético Independiente, de Avellaneda, sentaron las bases fundacionales del Club Atlético Independiente, de la ciudad de Chivilcoy. La primera comisión directiva, estuvo presidida por Francisco Umbriano. Tiempo después, en 1936, principalmente a raíz de serios y graves problemas económicos, que no pudieron resolverse en forma satisfactoria, la entidad se disolvió, y cuatro años más tarde, el 19 de septiembre de 1940, volvió a reorganizarse, bajo la presidencia de Don Pedro De Vicenzi. Posteriormente, fijó su sede en el sector geográfico de la plaza Belgrano, en un inmueble ubicado en la intersección de las calles Gral. Pinto y Coronel Brandsen. El citado edificio se adquirió en el año 1962.

Dentro del plano futbolístico, tras afiliarse a la Liga Chivilcoyana, comenzó a militar en la división de ascenso, y se consagró campeón de esta categoría en 1941. En 1956 se adjudicó el certamen de primera división de la Liga Chivilcoyana, y reiteró su triunfo en el campeonato del año 1958. Su trayectoria en el tiempo, sus victorias deportivas, y su progreso y gran desarrollo institucional, han hecho de él una entidad pujante y destacada en la historia social y comunitaria del partido de Chivilcoy.

El club fue invitado al Torneo Federal A 2014 y, desde entonces, forma parte de las divisiones de ascenso de Asociación del Fútbol Argentino.9​ En esa primera participación no pudo mantener la categoría y descendió al Torneo Federal B.

Clásico: Club Atlético Villarino